Mối nguy sinh học là mối nguy gây ra do vi khuẩn, virus và ký sinh trùng. Mối nguy ô nhiễm do vi khuẩn là mối nguy thường gặp nhất trong những mối nguy gây ô nhiễm thực phẩm. Theo thống kê có đến 50 – 60% các vụ ngộ độc thực phẩm ở Việt Nam là do vi khuẩn gây ra.